Cerita dimulai dari Okajima Rokuro seorang karyawan. diberi perintah atasannya untuk mengatar sebuah Dics. ditengah jalan kapal mereka dibajak oleh elompok Black Lagoon yang mengincar Dics data perusahaan. Rokuro pun disandra, dan apesnya ternyata dia malah dicampakkan oleh perusahaannya. Perusahaan justru mengirim tentara bayaran untuk memburu Black Lagoon sekaligus membunuh Rokuro yang mengetahui rahasia perusahaan dalam Dics itu. Sejak saat itu Rokuro, kini dengan nama julukan Rock bergabung dengan Black Lagoon. dan dimulailah kehidupan baru Rokuro. yang baru dan sangat gila.