Academy City, Jepang, berada di garis depan sains. Selain 30 tahun di depan dunia secara teknologi, lebih dari tiga perempat populasi kota aneh ini terdiri dari siswa yang mengembangkan kemampuan psikis mereka sebagai pendukung di berbagai institusi. Di antara para siswa ini terdapat tokoh utama bernama Touma Kamijou, seorang anak SMA dengan pangkat psikis terendah yang nol, namun dengan kekuatan misterius, ilmuwan tidak dapat mengerti: “Imagine Breaker,” yang memungkinkannya meniadakan kemampuan supernatural lainnya.