Di kota Den City, ribuan duelist mengambil bagian dalam ruang realitas virtual yang dikenal sebagai Link Vrains, di mana pengguna dapat membuat avatar yang unik dan berpartisipasi dalam game Duel Monster satu sama lain. Sebagai organisasi hacker misterius yang dikenal sebagai Knights of Hanoi mengancam dunia ini, seorang siswa sekolah menengah bernama Yusaku Fujiki bertempur melawan mereka dengan kedok Playmaker. Suatu hari, Yusaku bertemu dengan program kecerdasan buatan yang aneh, yang ia beri nama Ai, yang memicu pusaran digital di Link Vrains yang dikenal sebagai Data Storm. Saat kemunculan badai ini melahirkan Speed Duels, di mana para duelis berselancar angin ketika mereka berduel, Yusaku bertempur melawan Hanoi untuk mengungkap kebenaran mengenai insiden yang terjadi padanya bertahun-tahun yang lalu.