Setelah kehilangan adiknya tujuh tahun lalu, Satsuki Kakeru menjalani kehidupan kosong, hanya mampu kembali normal dengan bantuan dari teman Yuka Minase masa kecilnya dan teman-teman lainnya di sekolah. Tiba-tiba suatu hari langit berubah merah, dan bulan akan berwarna hitam. Semua orang di sekitar Kakeru dan Yuka menghilang dan monster mulai berkeliaran di jalanan. Mereka mampu melarikan diri dan bersembunyi dan setelah beberapa saat, dunia kembali normal. Tapi hanya ketika mereka berpikir dunia ini adalah mimpi, Malam Merah terjadi lagi.