Para Diclonius, sebuah Homosapien bermutasi yang dikatakan dipilih oleh Tuhan dan akhirnya akan menjadi kehancuran umat manusia, memiliki dua tanduk di kepala mereka dan memiliki “indra keenam” yang memberikan mereka kemampuan telekinetic. Karena kekuatan ini berbahaya, mereka ditangkap dan terisolasi di laboratorium oleh pemerintah. Lucy, Diclonius muda dan psikotik, berhasil membebaskan diri dan membunuh dengan brutal sebagian besar penjaga di laboratorium tempat dia ditahan, dan ditembak di kepala saat melarikan diri. Dia bertahan, jatuh dari tebing ke laut dan hanyut ke pantai di mana dua remaja, Kouta dan Yuka, menemukan dia. Setelah kehilangan ingatannya, dia diberi nama dengan satu-satunya hal yang bisa dia katakan, “Nyuu,” dan mereka berdua mengizinkannya untuk tinggal di rumah Kouta. Namun, tampaknya sisi psikotik Lucy belum hilang …