Saat itu tahun 1999. Morioh, kota yang biasanya tenang dan damai, baru-baru ini menjadi sarang aktivitas aneh. Joutarou Kuujou, sekarang seorang ahli biologi kelautan, menuju ke kota misterius untuk bertemu Jousuke Higashikata. Meskipun keduanya tampak seperti orang asing pada awalnya, Jousuke sebenarnya adalah anak tidak sah dari kakek Joutarou, Joseph Joestar. Ketika mereka bertemu, Joutarou menyadari bahwa ia mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jousuke daripada hanya hubungan darah. Seiring dengan Kouichi Hirose yang lembut dan riuh Okuyasu Nijimura, kelompok itu mendedikasikan diri mereka untuk menyelidiki penghilangan terakhir dan kejadian mencurigakan lainnya dalam Morioh. Dibantu oleh kekuatan Stands, keempat pria itu akan menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena terserah mereka untuk mengurai rahasia kota, sebelum yang lain terjadi.