Setelah Koloni 196 – Satu tahun telah berlalu sejak perang antara Bumi dan koloninya berakhir. Heero, Duo, Trowa dan Quatre mengucapkan selamat tinggal pada Gundam mereka dan membuangnya ke matahari. Relena Darlian sekarang adalah wakil menteri Bangsa Bumi Sphere Bersatu. Tetapi ketika pilot Gundam menyesuaikan dengan perdamaian di Bumi, Relena diculik dan ancaman baru muncul, dipimpin oleh Marimeia Khushrenada – putri dari mendikte Treize Khushrenada dan pewaris dari Yayasan Barton. Untuk membuat masalah lebih rumit, Gundam Nataku pilot Wufei telah memihak faksi ini. Para pilot Gundam harus memulihkan pakaian bergerak mereka dan sekali lagi terlibat dalam pertempuran sebelum pasukan Marimeia berhasil dalam upaya mereka untuk mendominasi dunia.