Film pertama anime Natsume Yuujinchou yang akan menampilkan cerita orisinal. Bercerita tentang pertemuan Natsume dengan Yokai yang hendak meminta kembali namanya. Dan saat mengembalikan namanya, Natsume mendapatkan kepingan ingatan tentang Reiko yang menuntunnya bertemu dengan Yorie, adik kelas Reiko semasa SMP. Nah Yorie ini tahu banyak tentang Reiko. Dia sekarang hidup damai dengan putranya, Mukuo. Bersama dengan keluarga kecil ini, Natsume pun merasa nyaman. Namun, ada satu Yokai yang sedang mengintai mereka. Dalam perjalanan pulang dari penyelidikan, biji yokai menempel pada Nyanko-sensei dan tumbuh menjadi pohon gaib di halaman rumah Natsume, lalu menghasilkan 3 buah dengan bentuk seperti kucing!