Tokyo Ghoul Season 2 ini melanjutkan perjalanan Kaneki Ken yang telah menjadi manusia setengah ghoul. Tokyo saat ini telah menjadi medan perang antara Manusia dan Ghoul. CCG merupakan agen pemerintah yang ditugaskan untuk memberantas Ghoul.Ghoul yang berada di kedai kopi Anteiku hanya ingin hidup damai. Tetapi Kaneki Ken yang bekerja di Anteiku, berniat untuk membuat damai Manusia dan Ghoul. Kaneki membuat keputusan untuk bergabung pada “Aogiri Tree”, sebuah organisasi Ghoul jahat. Banyak pertanyaan yang timbul dari teman-temannya di Anteiku. Apa tujuan sebenarnya dari Aogiri Tree? Akankah CCG menang melawan Ghoul? Dan apakah Kaneki benar-benar telah mengkhianati teman-temannya di Anteiku?