Yu ☆ ​​Gi ☆ Oh! 5D’s, diatur dalam waktu yang tidak terlalu lama, adalah sekuel Yu ☆ Gi ☆ Oh !: Duel Monster GX. Mengikuti dari pendahulunya, acara ini berpusat pada Permainan Kartu Monster Duel. Neo Domino City, sebuah kota yang lebih baru, berkembang adalah yang terbesar di dunia, diawasi oleh Direkturnya, Rex Godwin. Satelit, Kota Tua Domino yang telah berganti nama, sekarang menjadi daerah pembuangan limbah utama kota dan penduduk yang tinggal di sana, Satelit, hidup dalam kondisi yang buruk dan dilarang dari Duelling .Fudou Yuusei, protagonis utama pertunjukan, telah membangun D-Wheel ( digunakan untuk bentuk baru duel, Riding Duels) dengan harapan dia bisa melarikan diri ke Neo Domino City. Didorong oleh balas dendam terhadap Jack Atlus, King of Riding Duels, ia berhasil melarikan diri dan duel Jack untuk kartu berharganya, Stardust Dragon. Namun ketika dipanggil bersama dengan monster Jack, Red Demons Dragon, Crimson Dragon yang menakjubkan muncul, bersama dengan Tanda Lahir misterius di lengan Yuusei. Dari sini, Yuusei dan teman-temannya terlempar ke dunia Kegelapan, dari mana mereka harus duel jalan keluar dan berusaha menyelamatkan dunia dari kekuatan destruktif yang segera muncul. + OVA