Legenda mengatakan bahwa Teka-teki Milenium yang penuh teka-teki akan mengabulkan satu harapan bagi siapa pun yang memecahkan rahasia kuno. Setelah menyelesaikannya, siswa sekolah menengah Yuugi Mutou melepaskan “Yuugi yang lain,” kehadiran aneh yang terkandung di dalamnya. Sekarang, setiap kali dia dihadapkan pada dilema, alter ego misterius ini muncul dan membantunya dalam kesulitannya.Ingin mengungkap misteri di balik roh aneh ini, Yuugi dan teman-temannya menemukan diri mereka bersaing dengan beberapa lawan di “Duel Monsters,” permainan kartu yang menantang yang digunakan oleh orang-orang yang ingin mencuri Puzzle Millenium dalam upaya putus asa untuk memanfaatkan kekuatan besar di dalamnya. Ketika pertanyaan-pertanyaan itu bertumpuk, tidak lama sebelum mereka mengetahui bahwa ada lebih dari kebanggaan pada garis dalam duel ini.